Panendoskopia jest najskuteczniejszą metodą diagnostyczną    dla oceny części przewodu pokarmowego – przełyku, żołądka lub dwunastnicy. W trakcie badania istnieje możliwość wykonania testu celem stwierdzenia obecności bakterii Helicobacter pylori odpowiedzialnej za powstawanie
i nawrotowość wrzodów lub też pobranie materiału do badania histopatologicznego w przypadku stwierdzenia wrzodów żołądka, polipa lub innych zmian. Ma to zasadnicze znaczenie dla wyboru późniejszych metod leczenia.

Badanie jest przeprowadzane w pozycji leżącej na lewym boku.  Po miejscowym znieczuleniu gardła za pomocą lignokainy w aerozolu lekarz zakłada między szczęki plastikowy ustnik (celem ochrony delikatnego instrumentu). Następnie wprowadza do jamy ustnej i gardła fiberoskop średnicy około
1 centymetra, prosząc jednocześnie o wykonanie ruchu połykowego. Ten moment może być nieprzyjemny i wymaga współpracy z lekarzem wykonującym badanie. Oglądanie wnętrza przewodu pokarmowego trwa zwykle kilka minut.

Instrument służący do badania jest poddany dekontaminacji. Z tego powodu zainfekowanie chorego w trakcie badania jest praktycznie niemożliwe. Wycinki błony śluzowej pobiera się sterylnymi szczypaczkami, co również zabezpiecza przed zakażeniem.

Powikłania panendoskopii zdarzają się niezwykle rzadko. Niekiedy może dojść do krwawienia, szczególnie po pobraniu wycinków. Bardzo rzadko dochodzi do objawów ze strony innych układów
i narządów, jak zaostrzenie choroby wieńcowej, atak astmy lub padaczki.