Gastroskopia jest najskuteczniejszą metodą diagnostyczną dla oceny części przewodu pokarmowego: przełyku, żołądka i dwunastnicy.
Badanie jest przeprowadzane w pozycji leżącej na lewym boku.  Po miejscowym znieczuleniu gardła za pomocą lignokainy w aerozolu lekarz zakłada między szczęki plastikowy ustnik (celem ochrony delikatnego instrumentu). Następnie wprowadza do jamy ustnej i gardła fiberoskop średnicy około 0.8cm, prosząc jednocześnie o wykonanie ruchu połykowego. Ten moment może być nieprzyjemny i wymaga współpracy z lekarzem wykonującym badanie.

Tory wizyjne znajdujące się we wzierniku pozwalają na oglądanie obrazu z wnętrza przewodu pokarmowego w odpowiednim powiększeniu na monitorze. Badanie trwa zaledwie kilka minut. Ważne jest aby pacjent skupił się na spokojnym oddechu, jego właściwy rytm ułatwi mu zniesienie badania i pozwoli lekarzowi na dokładniejsze zbadanie.

W trakcie badania istnieje możliwość wykonania testu, celem stwierdzenia obecności bakterii Helicobacter pylori odpowiedzialnej za powstawanie i nawrotowość wrzodów lub też pobranie materiału do badania histopatologicznego w przypadku stwierdzenia wrzodów żołądka, polipa lub innych zmian chorobowych. Ma to zasadnicze znaczenie dla wyboru późniejszych metod leczenia.
Instrument służący do badania , przed każdym badaniem, poddany jest dekontaminacji.

Z tego powodu zainfekowanie chorego w trakcie badania jest praktycznie niemożliwe.
Wycinki błony śluzowej pobiera się sterylnymi szczypaczkami, co również zabezpiecza przed zakażeniem.
Powikłania gastroskopii zdarzają się niezwykle rzadko. Niekiedy może dojść do krwawienia, szczególnie po pobraniu wycinków. Bardzo rzadko dochodzi do objawów ze strony innych układów
i narządów, jak zaostrzenie choroby wieńcowej, atak astmy lub padaczki.