W celu dokładnego określenia zmian chorobowych w obrębie jelita grubego lub wykluczenia ich istnienia przed ewentualną terapią należy wykonać badania diagnostyczne. Istnieją dwa sposoby badania:
1. poprzez endoskopową ocenę jelita grubego,
2. radiologiczną za pomocą środka kontrastowego wprowadzanego doodbytniczo.
Zastosowanie techniki endoskopowej najczęściej nie wywołuje dolegliwości bólowych lub są one niewielkie, a sama ocena jelita jest znacznie dokładniejsza niż przy badaniu RTG. W znacznym też stopniu eliminuje możliwość pominięcia zmian chorobowych. Nie bez znaczenia jest możliwość kojarzenia badania diagnostycznego (kolonoskopia) z ewentualnym równoczesnym zabiegiem terapeutycznym (np.: odcięcie polipów) w razie wykrycia tego typu zmiany, co nie jest możliwe w badaniu RTG.
Badanie wykonuje się po odpowiednim przygotowaniu, polegającym na oczyszczeniu z resztek pokarmowych jelita najczęściej za pomocą doustnie podanych środków przeczyszczających. Przygotowanie rozpoczyna się w przeddzień lub dzień zabiegu, kiedy chory musi powstrzymać się od jedzenia i picia innych płynów niż służące do oczyszczenia jelita. Samo badanie wykonywane jest przy zastosowaniu giętkiego kolonoskopu, który wprowadza się przez odbyt do jelita grubego. Tory wizyjne znajdujące się we wzierniku pozwalają na oglądanie obrazu z wnętrza przewodu pokarmowego w odpowiednim powiększeniu na monitorze. Zabieg może być okresami bolesny: ból ten trzeba odróżnić od stale występującego wzdęcia wynikającego z podawania powietrza do światła jelita dla jego pełnej oceny należy zgłosić lekarzowi, a jego stałe utrzymywanie się może być wskazaniem do odstąpienia od dalszej oceny jelita. W razie potrzeby pobiera się ze zmian chorobowych wycinki do oceny histopatologicznej. Służą do tego sterylne szczypczyki, co również chroni przed zakażeniem.
Instrument służący do kolonoskopii jest przed każdym badaniem poddany dekontaminacji, dlatego też zainfekowanie jest praktycznie niemożliwe.
Powodzenie badania oraz pełne bezpieczeństwo nie mogą być zagwarantowane przez żadnego lekarza. Powikłania zdarzają się jednak niezmiernie rzadko (0,35%). Należą do nich:
1. przedziurawienie ściany przewodu pokarmowego (0,14-0,18%),
2. krwawienie (0,008%),które zwykle wymagają natychmiastowej operacji.